La película explora el tema del bien contra el mal y usa a su protagonista como «el buen alemán», un personaje popular en el cine estadounidense.​ Mientras que Amon Göth es presentado como la maldad personificada, Schindler evoluciona gradualmente de apoyar al nazismo a rescatador y héroe. Asimismo, se introduce otro tema, la redención, cuando Schindler, un empresario con pocos escrúpulos que se mueve en los límites de la respetabilidad, se convierte en una figura paternal responsable de salvar las vidas de más de mil personas.

La niña de rojo

Aunque la película está filmada casi enteramente en blanco y negro, aparece un abrigo de llamativo color rojo que viste una niña durante el brutal desalojo del gueto de Cracovia. Más tarde Schindler ve su cadáver, reconocible por la prenda roja. Spielberg dijo que esa nota de color pretendía simbolizar cómo los miembros del más alto nivel del gobierno de Estados Unidos sabían que el Holocausto estaba ocurriendo y no hicieron nada por evitarlo. «Era tan obvio como una niña vestida con abrigo rojo, caminando calle abajo, y a pesar de ello no se hizo nada, como bombardear las vías férreas alemanas. Nada se hizo para pararlo… la aniquilación de los judíos europeos […] Así que ese era mi mensaje al incluir el color en esa escena». ​ Andy Patrizio, de IGN, señala que el momento en el que Schindler ve a esa niña es el instante en el que cambia de punto de vista, «nunca más vería con indiferencia desde su coche el humo y las cenizas de las pilas de cadáveres ardiendo». El profesor André H. Caron, de la Universidad de Montreal, se pregunta si el rojo simboliza «inocencia, esperanza o la sangre roja del pueblo judío siendo sacrificado en el horror del Holocausto».

La niña fue interpretada por la polaca Oliwia Dąbrowska, que tenía tres años cuando rodó la escena. Spielberg le pidió a Dąbrowska que no viera la película hasta que fuera mayor de edad, pero la vio con once años y quedó «horrorizada». Después de revisitar el filme en la edad adulta, se sintió orgullosa de haber participado en ella. Aunque no fue intencionado, el personaje es similar a Roma Ligocka, una niña del gueto de Cracovia que vestía un abrigo rojo y que, a diferencia de la niña de la película, sobrevivió al Holocausto. Después del estreno del largometraje, ella escribió y publicó su propia historia, La niña del abrigo rojo: memorias.​ Según una entrevista de 2014 a miembros de la familia, la niña del abrigo rojo fue inspirada por la residente de Cracovia Genya Gitel Chil.

Velas

La película comienza con la escena de una familia celebrando el Sabbat. Spielberg dijo que «iniciar la película con el encendido de las velas… Sería enriquecedor, comenzar con una celebración normal del Sabbat antes de que se desaten las atrocidades contra los judíos». Cuando el color de la llama se desvanece en los instantes iniciales, da paso a un mundo en el que el humo simboliza los cuerpos siendo quemados en Auschwitz. Solo al final, cuando Schindler anima a sus trabajadores a celebrar el Sabbat, las imágenes de la llama de la vela recuperan su candor, algo que según Spielberg representa «un destello de color y de esperanza».​ Sara Horowitz, directora del Centro Koschitzky de Estudios Judíos de la Universidad de York, ve esas velas como un símbolo de los judíos de Europa, asesinados y luego incinerados en los crematorios. Las dos escenas son como un paréntesis de la era nazi, marcan su inicio y su final. ​ Puntualiza que normalmente es la mujer de la casa la que enciende las velas del Sabbat, aunque en la película es el hombre quien las prende demostrando no solo el papel servil de las mujeres, sino también la posición de sumisión de los hombres judíos ante los arios, especialmente Göth y Schindler